為了給新入雞群在飼養過程中創造一個良好的幹淨舒適的環境 ，清除以往雞群和外界環境中的病原體 。消毒效果的好壞 ，直接影響到雞群的健康 ，所以空置雞舍消毒顯得尤為重要 。
第1天清掃
首先應清除舍內的墊草垃圾 、糞便 、羽毛等廢棄物(可以事先用消毒液噴灑 ，避免病原微生物隨糞塵飛揚) 。並將地麵 、門窗 、屋頂等地方的灰塵清掃幹淨 。
第2天水洗
在水中加入堿性藥物後對養殖場的牆壁 、地麵 、籠架 、用具進行清洗，使用高壓水槍衝洗效果更好 。尤其要注意對角落的清洗 。
第3天幹燥
等清洗時留下的水分幹燥後再進行消毒 ，消毒液不被稀釋 ，可保證消毒效果 。
第4天 消毒
用消毒藥噴灑或浸泡消毒用消毒藥噴灑牆壁 、門窗 、頂棚 、籠架等，料水槽能拿的可放到大容器內用1%苛性鈉液或2%~3%克遼林乳劑浸泡1天 ，刷淨 ，用清水衝洗幹淨 ，晾幹備用 ；籠養的 ，要用消毒液反複擦洗料槽 。
第5天 幹燥
第6天 再消毒
為殺滅球蟲卵囊 ，在床麵 、排水溝等處 ，追加噴灑殺球蟲卵囊藥物 。若是遇到牆壁 、地麵 、籠架及不怕燒的用具可以使用火焰槍對其表麵進行消毒，速度為每分鍾2平方米 。
第7天 幹燥
第8天 熏蒸消毒
一般經過15天後再檢測消毒效果 ，用瓊脂平板取菌法 。確定消毒達標後做進雞準備 ，開始新一輪的生產 。消毒作業時 ，對搬出舍外的用具等 ，須在指定的場所進行水洗和消毒 ；糞便及墊料等應深埋 、焚燒或發酵處理 。
注意 ：①雞糞和汙物等有機物 ，有機物減弱消毒消毒 ，須將其清除、洗淨後才能發揮後續消毒作用 ；
②需將舍門及其他所有縫隙封嚴 ，避免泄漏蒸氣 ，以充分發揮福爾馬林或過氧乙酸熏蒸消毒的作用 。③對空閑雞舍的消毒 ，有時可不必按雞舍消毒作業程序逐項進行操作 ，可根據雞舍條件 、衛生狀況等 ，適當地簡化處理程序 。如果是衛生防疫管理得好 ，沒發生傳染病的雞舍 ，在雞出欄後充分噴灑消毒液 ，放置1夜待雞糞軟化後將之清除 ，然後再用消毒液衝洗 。晾幹後對衝洗不充分的地方 ，再做補充消毒 ，放置至下次進雞 。
④使用的消毒劑不能隨意混合 ，防止彼此會發生拮抗作用 。消毒可以輪換使用 ，免得產生抗藥性 。
⑤一般熏蒸消毒後要空幾天後再進雞 ，如果空舍1個月以上再進雞還要再次熏蒸消毒 ，用藥量按一級消毒來進行 。