一 、藥物的濃度和作用時間
養殖戶一般都知道 ，消毒藥物的濃度越高 ，作用時間越長 ，消毒效果越好 ，但是濃度大 、時間長會對組織的刺激性大 。但如果濃度過低 、接觸時間過短 ，又不能很好地達到消毒的目的 。因此 ，養殖戶應根據消毒藥物的特性和消毒的對象 ，恰當掌握藥物濃度和作用時間 。
二 、環境溫濕度
在適當範圍內 ，溫度越高 ，消毒效果越好 ，溫度每增加10℃ ，消毒效果增強1～1．5倍，因此消毒通常在15～20℃的溫度下進行 。另外 ，環境濕度也會影響消毒效果 ，濕度過大或者非常幹燥都不能保證消毒效果 。
三 、環境中的有機物含量
消毒藥物的消毒效果與環境中的有機物含量是成反比的 ，如果環境中有機物的汙物較多 ，也會影響消毒效果，因為有機物一方麵可以掩蓋病原體 ，對病原體起保護作用 ，另一方麵可降低消毒藥物與病原體的結合從而降低消毒藥物的作用 ，所以建議養殖戶在對雞舍消毒時 ，盡量清理幹淨雞舍內的雞糞 、牆壁上的汙物 ，以提高消毒效果 。
四 、環境中酸堿度
環境中的酸堿度對消毒藥物藥效有明顯的影響 ，如酸性消毒劑在堿性環境中消毒效果明顯降低 ；表麵活性劑的季銨鹽類消毒藥物，其殺菌作用隨pH值的升高而明顯加強 ；苯甲酸則在堿性環境中作用減弱 ；戊二醛在酸性環境中較穩定，但殺菌能力弱 ，當加入0．3％碳酸氫鈉 ，使其溶液pH值達7．5～8．5時 ，殺菌活性顯著增強 ，不但能殺死多種繁殖性細菌 ，還能殺死帶芽胞的細菌 ；含氯消毒劑的最佳pH值為5～6 ；以分子形式起作用的酚 、苯甲酸等 ，當環境pH值升高時 ，其殺菌作用減弱甚至消失 ；而季銨鹽 、氯已定 、染料等隨pH值升高而增強 。
五 、 微生物的敏感性
不同的病原體對不同的消毒藥敏感性有很大差別 ，如病毒對酚類的耐受性大 ，而對堿性的消毒藥物敏感 ；乳酸杆菌對酸性耐受性大 ，生長繁殖期的細菌對消毒藥較敏感 ，而帶芽胞的細菌則對消毒藥物耐受性較強 。
六 、消毒藥物的拮抗作用
兩種消毒藥物混合使用時會降低藥效 ，這是由於消毒藥的理化性質決定的 ，所以養殖戶在消毒時盡量不要用兩種消毒藥物配合使用 ，並且兩種不同性質的消毒藥使用時要隔開時間 。如 ：過氧乙酸 、高錳酸鉀等氧化劑與碘酊等還原劑之間可發生氧化還原反應 ，不但會減弱消毒作用 ，還會加重對皮膚的刺激性和毒性 。
七 、噴霧消毒注意事項
噴霧消毒可以節省成本 、提高效率 ，實踐中有許多養殖戶喜歡采用這種方式 。但噴霧消毒需要注意的細節更多 ，比如 ：在消毒前12小時內給雞群飲用維生素c或水溶性多種維生素溶液如賽維新 ，防止應激 。消毒時應選擇刺激性小 、高效低毒的消毒劑,如聚維酮碘 、亞控等 。
在噴霧消毒前 ，雞舍內溫度應比常規標準高2～3℃ ，以防水分蒸發引起雞受涼造成雞群患病；進行噴霧時 ，霧滴要細 。噴霧量以雞體和網潮濕為宜 ，不要噴得太多太濕 ，一般噴霧量按每立方米空間1 5毫升計算 ，幹燥的天氣可適當增加 ，但不應超過25毫升／立方米 ，噴霧時應關閉門窗 ；冬季噴霧消毒時最好選在氣溫高的中午 ，平養雞則應選在燈光調暗或關燈後雞群安靜時進行 ，以防驚嚇 ，引起雞群飛撲擠壓等現象 。
八 、石灰消毒
許多養殖戶喜歡用幹的生石灰消毒 ，這是很不科學的 。用生石灰消毒時要把生石灰加水變成熟石灰 ，再用熟石灰加水配成乳濁液進行消毒 ，一般用熟石灰加入40％～90％(按重量計)的水 ，生成10％～20％的石灰水乳液 ，潑灑地麵即可 。
石灰水溶液必須現配現用 ，不能停留時間過長 ，否則易使石灰水溶液形成碳酸鈣而降低消毒效果 ；在幹燥的天氣不要用石灰粉在雞舍內撒布消毒，以免漂浮在雞舍內的石灰粉吸入鼻腔和氣管 ，對雞的鼻腔和氣管產生刺激 ，容易誘發呼吸道病 。